公元220年曹丕袭魏王位，当年废汉献帝自立，国号魏。公元221年，刘备在成都称帝，国号“汉”（史称“蜀汉”或“蜀”），据长江上游地区；222年孙权在建业（今南京市）称吴王（229年称帝），据长江中下游及其以南地区。从此，魏、蜀、吴鼎立局面形成。三国连年征战，263年魏灭蜀，265年司马炎代魂立晋（吏称西晋），280年晋灭吴，全国复归一统。但西晋王朝因司马氏宗室争夺中央统治权，“八王之乱”持续十六年的混战，使隐伏矛盾迅速激化，很快导致北方少数民族兵进中原。从316年匈奴贵族建立的政权灭西晋起，北方从此进入“五胡十六国”的战乱时期，前后出现20个割据政权。直到公元439年鲜卑族政权北魏统一中国北方，方获近百年的相对稳定。534年北魏分裂为东魏和西魏，继之北齐代东魏，北周代西魏，581年隋代北周。在南方，公元317年西晋琅玡王司马睿在建康（南京市）称帝建立偏安江南的政权，史称东晋。公元420年以后又历经宋（420～479年）、齐（479～502年）、梁（502～557年）、陈（557～589）四朝更迭。此四朝与北魏以降的北方政权相对峙，是为南北朝，直到公元589年隋灭陈，才再次结束割据局面，使全国重归统一。
从东汉末年到隋统一全国近400年间，是中国社会发展历程中最纷乱的时期之一，这个时期也是中国各民族大融合的一个时期，促进了经济文化的交流。在北方和长江上游地区，先后有曹魏和蜀汉分别制定魏律和汉律、推行屯田制；西晋初期改立占田制、课田制以及对王公官员的限田制，这对抑制土地兼并、补救战争创伤和恢复社会经济均有一定积极作用。北魏改变鲜卑族风俗、服制、语言，鼓励与汉族通婚，加强同汉人士族的联合统治。这些改革推进了民族融合，加快了各民族封建化进程，促进了北方生产、经济的恢复和科学文化的发展。
东晋和南朝时期，江南地区的生产有较为迅速的发展。西晋末开始的北方战乱，迫使大量汉族农民迁至相对安定的江南地区，总数达70万人。北方先进的生产工具和生产技术被带到南方，广为传播，使江南火耕水耨的粗放耕作状态大为改变。农作物品种逐步增加，牛耕普遍推行，干旱地区采用了北方精耕细作的区种法。同时，还兴建了不少水利灌溉工程，创造了多种作物经营，使农业生产水平迅速提高，并带动了手工业的发展，促进了商业的繁荣，生产和经济的恢复发展，促进了科学文化的发展。
在意识形态方面，随佛教兴起和道教流行，两汉时期的独尊儒学局面被打破了，开始出现儒佛道并立格局，并有玄学的流行。
佛教自西汉末由印度传入我国，到东汉时已有人翻译佛经，但信佛者不多，魏晋时期印度和西域僧人陆续来到中国，随着佛经翻译增加和佛寺兴建，佛教迅速传播，印度医学也随之传入我国。南北朝时期大力提倡佛教，于是造佛寺、塑佛像、释佛经、传佛学形成高潮。以至“招提栉比，佛塔骈罗”，僧尼人数也大量增加。佛教教义将现实痛苦归罪于前世不行善，要人们忍受今世苦难，寄希望于来世，这种思想易为当时处于战乱动荡社会之中的人们所接受，“因果报应”、“灵魂不灭”、“三世轮回”等佛教迷信思想一时广为传播，劳动人民深受其害，文人和士大夫也以说佛谈禅为能事。这在很大程度上涣散了人们同疾病作斗争的意志，懈怠了人们创新医药的积极性，给医学的发展带来危害。
道教源于我国民间，东晋和南北朝时期道教教义理论和宗教组织迅速发展，形成一派很有影响的宗教势力，其根本教义在于追求长生不老，还宣扬“谶纬”之说和“清静虚无”等观点。这些宗教迷信和无所作为的思想，无疑对社会和医学的发展都产生消极影响，但是道术中有不少与医药保健有关的养生学内容，炼丹过程也积累了丰富的化学和药物学知识，为道教典籍和相关书籍所保存。
两汉时期，统治阶级所独尊的儒家学说，此时期因佛教和道教的兴盛受到很大冲击，但仍是封建统治的基本思想柱石。儒经所讲伦理道德和礼乐制度等，对医家均有较大影响，东晋以后，出于统治者的需要与提倡，儒、佛、道三家均有较大发展，渐成并立局面。
南朝时梁武帝肖衍为协调儒、佛、道关系，创三教同源说，试图以佛教为主，儒道为辅统一三家。他首先兴儒家，制礼乐，倡经学，为孔子立庙，设五经馆，置五经博士；又大兴佛教，建佛寺达700所，亲自讲演佛经，使佛教在南朝迅速发展，同时宠任道教徒陶弘景，赐以黄金、朱砂、曾青、雄黄等炼制仙丹，企求长生不死，致道教在南方滨海各地大为得势。于是形成了南北朝时期儒、佛、道相互鼎峙的错综复杂局面。
《易经》、《老子》、《庄子》被称为“三玄”，玄学家熔儒家的名称与“道家”的“自然”为一体，加以改造和发挥，被称为玄学，它是这时期的一个重要的哲学思想体系。他们自恃清高、无为、清谈“玄理”。其思想体系甚为复杂，相当部分士人，放荡不羁，讲求服石、炼丹，在这一过程中发现和积累许多化学变化的规律和经验，从另一侧面推动医药学的发展。
此期医学发展有三个特点：
（一）人民群众和许多医家面对战争连绵，社会动荡局面，以及民族融合文化交流的情况，有更多的机会进行大量医治伤病疾苦的实践，从而使临床医学迅速发展，各科临证经验进一步充实。诊断水平明显提高，治法丰富多采，诊治均有新的创造和发现。据记载，本时期问世的医方书籍近200种，在内科、外科、骨伤科、妇儿科以及各种急救处理等方面，均有很大进步。
（二）诊断学和针灸学的基础理论和实践规范化，在总结整理前代成就的基础上，有重大发展，晋·王叔和的《脉经》，魏晋间皇甫谧的《针灸甲乙经》等著作为其卓越代表，并对后世产生了深远影响。
（三）药物学有突出进步，本时期本草著作达70余种，最有影响的是南北朝时陶弘景的《本草经集注》，他将前代本草学成就进行了较彻底的整理，又总结《本经》后数百年的新经验，参考《名医别录》和本人研究心得著成此书，不但药物品种成倍增加，对药物限制、度量衡、剂型等严加考订，更重要的是开创了新的本草分类方法，影响深远。雷敩所撰《雷公炮炙论》是我国现知药物炮炙的最早专著。
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