将西方医学的起源与中医做一个对比，西方医学起源于古希腊的医学，《剑桥医学史》对古希腊医学的一个简单描：:"它是一种整体医学，强调心与身、人体与自然的相互联系；它非常重视保持健康，认为健康主要取决于生活方式、心理和情绪状态、环境、饮食、锻炼、心态平和以及意志力等因素的影响。在这个传统中，要求医生应当特别重视研究每个病人个体健康的特殊性和独特性。它关注的是病人而不是疾病，强调的是病人和医生之间的主动合作。"
从这段描述看，古希腊医学和中医非常相像。这种相像还体现在以下两个方面。
首先，古希腊医学"认为疾病是由机体内部的紊乱引起的，而不是由病原体微生物入侵引起的。"中医相应的理论就是阴阳理论，认为"阴阳失调"就是疾病的根本原因，"阳胜则热，阴胜则寒"，"阳虚则外寒，阴虚则内热"。
其次，古希腊医学"认为机体的各个部分是相互联系的"，身体中充满了各种液体，"这些液体的平衡是机体赖以生存的基本条件，它们的平衡与否反映在气色、气质和性情上。"体液共分为四种，分别是多血质、粘液质、胆汁质和抑郁质，某种体液过多或过少，都会在身体上表现出来。中医相应的理论就是五行理论，五行是金木水火土，它们之间彼此相生相克，人体中的各种器官分别对应了五行，心是火，脾是土，肺是金，肾是水，肝是木，这样五行的相生相克就变成器官之间的相生相克，进而表现为各种体征或者病征。
这样看来，既然中医和古希腊医学是如此接近，而古希腊医学又是西医的源头，那么是否可接着推论，中医和西医在本质上亦无大的不同，更谈不上是什么伪科学呢？
这样的推论是万万做不得的，因为十六世纪文艺复兴以后，西医的"双盲对照、重复、实证医学"的发展实际上是在逐渐背离自己的传统，古希腊医学已经被现代西医抛弃了。
科学的进步使近代西方人认识到，大自然有着自己的运动规律，不能按人们的意愿或者猜想来解释，而是只能用机械理论并以几何和数学语言来表述清楚。这种机械论的观点大大推动了医学的发展。
十七世纪时，"体液"学说遭到了猛烈抨击，因为它是没有任何物质基础的空洞理论。从此以后，西医就走上了和自己源头截然不同的道路，将自己的发展建立在科学和实验的基础上。
与西医相比，中医则是基本上原封不动地保持了自己的古老传统，仍将古代的文献奉为经典。《剑桥医学史》这样写道"（西方的）人们认为真理不是在于过去而是在于现在和未来；不是在书本中而是在躯体上；医学进步不是取决于更好地理解古代的权威而是取决于观察、实验、新事实的收集以及对病人生前和死后的密切检查。"读了这段话，再联想到现在已经是二十一世纪了，如果医生看病的依据还是来源于几千年前的那本《黄帝内经》，这岂不是荒唐透顶的事吗？
所以，我们说中医到底是不是伪科学，这必须通过科学检验来说话。能够通过科学检验得到实验支持的，那就是可靠的医学；否则，哪怕有再悠久的历史和传统，也难逃伪科学之名。要知道，全世界的医学体系只可能有一个，而不可能有两个。中医是传统文化，也可以说很优秀，但中医不是科学！
表面上，这是一个对待中医的态度问题，但实质上这是一个世界观的问题。到底是相信科学，还是相信玄学？是崇尚迷信，还是破除迷信？我们保护中医，到底是保护了文化中先进的东西，还是保护了文化中落后的东西？
中医理论发展的过程中，没有新旧理论的交替，新理论从来不曾推翻过旧理论。尽管在总结新的经验时有丰富多彩的各家学说，但新观念的矛头，从未指向原有理论的阴阳五行内核。以阴阳五行为内核中医的基本理论带有浓厚的自然哲学的性质，从根本上考察，它对整个自然界规律和个体生理病理变化规律的概括，很大程度上停留于对外部现象间联系的把握，而始终未能深入到对象内部诸层次的本质。并且，全部结论的形成，又是靠思辨推理来实现的。而思辨主义一旦贯彻到底，就可以按原有结论概括无限事实。造成中医理论超常稳定性的主要原因是以阴阳五行学说为核心的基本理论不够完备，也不彻底，因而不能真正把握事物的本质；靠思辨而不是靠实验，造成对经验的理论解释的随意性。
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