明、清两代，道教基本上，融合成两大派：正一、全真，正一掌道教事于明，全真曾小“中兴” 于清初。
此阶段的道教，在教理教制方面并未有特别大的发展，道教也逐步走向衰落。造成这样的原因，是多方面多层次的，但是，其中之最主要的，是统治者只醉心于符箓斋醮、孜孜以求于道教的末法应用，丝毫不探究道教的深邃理论；上行下效，普通民众更是从自己的利益出发（而不是信仰），热衷于符咒禁忌、祈禳去疾、相卜降乩、观风望气，风水墓穴，金丹房中等，只求这些道法能给自己带来现实的欲望。不少道士顺时而兴，把这些工夫当成正业，不修道法，而仅仅靠这些方术敛财、入仕。这加速了道教的衰落态势。
早在明永乐初年，作为历代天师最博学者的第四十三代天师张宇初，就看清楚这一点。在明代，正一天师道掌天下道教事，张宇初于明洪武十年(公元1377年)嗣教，后，他决心清整道教，并以天下道教教主的身份撰写《道门十规》：内容为1、申明道统源流，上攀先秦道家；2、内炼为本、性命双修；3、三教同源、佛道融合的性命说；4、内炼为本的斋醮道法；5、继承全真教风，清整戒律清规。《道门十规》主要是针对时弊，正本溯源。他（羽化后由第四十四代天师张宇清续修）还编修了《道藏》，这部道教的百科全书至今尚存，是中华民族不可或缺的文化遗产。
可惜，执掌道教的正一天师道，还是随着道教的世俗化而逐步衰败，至清代，已江河日下。
清初，全真道龙门支派律宗的第七代律师王常月，被顺治帝所器重，赐为「国师」，他体《道德》自然之奥，探《南华》活泼之真机，三次公开传戒，其言论被弟子施守平等辑录为《碧苑坛经》，另有弟子辑录（一说为将《碧苑坛经》校订）为《龙门心法》。内容分心法真言、皈依三宝、忏悔罪业、断除障碍、舍绝爱缘、戒形精严、忍辱降心、清净身心，求师问道、定慧修真、报恩消灾、立志还愿、印证效验、保命延生、阐教宏道、济度众生、智慧光明、神通妙用、了悟生死，公德圆满、参悟玄机。（《龙门心法》将“参悟玄机”置于“清净身心”前）。影响甚大。他还对道教“长生不死”的思想作了新的解释，“谁曾不死，那见长生，不死者，岂是凡身，长生者，非关秽质”，“色身纵留千年，止名为妖，不名为道。法身去来常在，朝闻道夕死可矣”，“不死者我之法身，长生者吾之元气”。
他最大的贡献，在于让本已衰落的龙门复兴，可说也是令全真的复兴，甚至是整个道教离现今时代最近一次的复兴。
虽然道教在此阶段逐步衰落，但是，它的内丹学说却得到进一步发展，此阶段张三丰、陆西星、伍守阳、刘一明、闵小艮等道士的内丹理论各具特色，他们的身后也各自形成武当、西派、伍柳内丹等等道教派别，但总的还是属于两大派的支流。
道教内丹学说经各高道的阐述，呈现通俗化、明朗化，渗入社会各阶层，远远超出了仅在道教内部传播的范围，如大儒王守仁、罗汝恩等，皆热衷于道教内丹修养。另外，道教劝善书如《太上老君感应篇》等广泛流传于民间，而一些方术如扶乩降仙、占卜祈禳等也十分盛行。各种大大小小的道教神庙如城隍庙、真武庙、吕祖庙、关帝庙等林立中华大地，至于道教的神仙信仰、金丹修炼等也渗透于大量的通俗文学作品，许多民间宗教如黄天教、红阳教，也多吸收道教的教理、思想。
道教在明清时代开始衰落，但它作为一个土生土长的宗教，作为一种传统的信仰，它的影响力还是不容低估，它的衰落，只是由上层转入民间。它起源于中华民族会这片土地上永远存在着，从某种意义上说，它的命运，与中华民族息息相关。
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